正月三が日の深大寺は約20万人の初詣参拝者で境内外は溢れ終日賑やかです。
特に元三大師堂では1月1日午前0時、除夜の鐘とともに迎える新年最初の行事として、住職以下、深大寺全僧侶により天下泰平、国家安穏、仏法興隆を祈願する修正会大護摩供が、ご参詣の皆様の厄除、家内安全、商売繁盛、身体健全等のご祈願と併せて7日間にわたり約40分から60分間隔で延べ80座ほど行われます。なお、修正会後も年間を通して毎日皆様の諸願円満を祈る大護摩供が行われます。また正月は調布七福神（深大寺は毘沙門天を奉安）詣でなどでも境内は賑わいを見せます。
「節分」とは、字のごとく季節を分けるという意味があります。四季それぞれの変わり目はすべて節分なのですが、特に立春の前日を重んじ、節分というとこの日を指すようになりました。これは立春をもって新たな年、その前日を年越しとする考えがあるからです。もともと宮中の新年の行事であった邪気（邪鬼）をはらう意味での鬼やらい行事（追儺式）が、民間にも定着しました。現在では鬼を払うことに厄払いの意味を込めて、各地で豆まきなどの行事が行われます。深大寺では元三大師堂で厄除諸願成就の大護摩供が終日行なわれます。年男、芸能人、有名スポーツ選手等による本堂前特設舞台での豆まき式は午前11時、午後1 時、午後2時の3回にわたり行われ、多くの参詣善男善女で賑わいます。
山門の紅梅白梅が見ごろを迎える3月3日、4日は、深大寺最大の行事「厄除元三大師大祭」が執行されます。朝から元三大師様のご霊験を崇める近隣近郷の人々が、押し寄せるように境内を埋め、大師堂で諸願成就の大護摩供が厳修されます。江戸時代の文献には、「参詣者が近郊近在より群参す」と記されているほど、深大寺の大祭は歴史と伝統のある行事です。大師様のご霊験は今でも多くの人々に篤く信仰されています。また、これにあわせて大師様のご威力にあやかる縁起だるま市も開かれ、境内には大小約300の縁起だるまを売る店が所狭しと店を構え、日本三大だるま市の1つとして、また東京に春を呼ぶ深大寺のだるま市としてその知名度は全国的です。
厄除元三大師大祭のクライマックスは、慈恵大師御影供という天台宗に伝わる伝統法要の厳修です。両日とも午後2時より執行され、煌びやかなお練り行列が本坊より元三大師堂へと境内を進む様子は圧巻で、まさに平安絵巻さながらの優雅さであり、大祭の最大の見せ場です。御影供とは、大師像の掛け軸を掲げて香、華、灯明、諸々の供物を供え、報恩の誠を捧げる法会です。深大寺のそれは、百味講という江戸時代から続く講中により大師様の宝前に供物が奉献されるなど大規模に執行されます。大師堂では比叡山以外では滅多に聞くことのできない天台宗に古くから伝わる御影供の聲明が、雅楽の調べとともに厳かに唱えられます。
毎年5月8日に、ナンジャモンジャの木の下で、東京消防庁音楽隊によるコンサートが行われます。ナンジャモンジャの花がゴールデンウィークに満開を迎え、ちょうど花が舞い落ちる頃に市民の防災意識を高めるための啓発活動の一環として、コンサートが行われています。
毎年5月下旬に、恒例の深大寺薪能が行われます。本堂前に特設の舞台を作り、陽も落ち始める頃に深大寺僧侶による火入れ式が行われます。格式の高い観世流の舞人による演目が、観衆を幽玄の世界へと誘います。
旧暦の9月13日の夜は、十五夜とともに観月にふさわしい名月で、「栗名月」「豆名月」とも呼ばれています。深大寺では「十三夜の会」と称し、山門において天台聲明（しょうみょう）や能舞邦楽の演奏による観月会を行っています。
秋の最大の行事として、「そば祭・大般若転読会」が行われます。古式にのっとったそば打ちの儀式により、境内に祀られるそば守観音に打ちたてのそばを奉献し、各そば店の商売繁昌を祈願します。その後、深大寺の発祥にかかわる深沙大王堂において、大般若転読会が行われます。大般若経六百巻を転読という独特の作法で行い、参詣者の1年間の無病息災を祈ります。
